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EDIÇÃO
IMPRESSA |
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Bioinformática |
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Estruturas sem segredos |
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Sistema desenvolvido pela
Embrapa ajuda a compreender as funções das proteínas |
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Samuel Antenor |
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Desvendar a complexa estrutura das proteínas é uma tarefa
essencial tanto no estudo dos processos biológicos quanto
na indústria farmacêutica e, de forma mais específica,
na análise dos resultados pós-seqüenciamento de DNA
de qualquer genoma. Para conhecer e interpretar melhor
a complexidade dessas moléculas, muitos dos pesquisadores
da área já estão usando um conjunto de softwares desenvolvido
pelo Núcleo de Bioinformática Estrutural (NBI) da Embrapa
Informática Agropecuária, de Campinas, uma das unidades
da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária.
O novo conjunto de ferramentas, chamado de Gold Sting
Suite ( sequence to and within graphics ou seqüência
dentro de gráficos-GSS), faz uma análise tridimensional
das proteínas que ajuda os pesquisadores a compreender
todo o engenhoso funcionamento molecular, incluindo
aspectos como a formação de substâncias candidatas aos
principais componentes na preparação de novos fármacos
e defensivos agrícolas.
"O produto está disponível no Protein Data Bank (PDB),
ou Banco de Dados de Proteínas, no San Diego Supercomputer
Center (SDSC), o maior banco de dados de estruturas
de proteínas do mundo, na Universidade de San Diego,
e na Universidade de Columbia, ambas nos Estados Unidos.
Ele está disponível também em laboratórios públicos
na Europa, Ásia e América Latina, assim como nos da
Embrapa em Campinas e em Brasília", diz o pesquisador
Goran Neshich, líder do NBI. A reunião de todas as informações
conhecidas sobre as estruturas das proteínas e o nível
de detalhamento em um mesmo aplicativo favoreceram a
aceitação mundial do Gold Sting.
O conjunto de programas surgiu da necessidade de integrar
as ferramentas de análise dessas estruturas que, antes,
exigiam a utilização de vários softwares para as análises
moleculares. Totalmente baseado em estudos biológicos
disponíveis em bancos de dados públicos, o sistema da
Embrapa é diferente dos demais direcionados a esse tipo
de pesquisa por possibilitar a coleta detalhada de informações
sobre a seqüência e a estrutura das proteínas, a natureza
dos contatos atômicos entre os aminoácidos, além de
informações sobrecavidades e superfícies da proteína
e suas ligações. De acordo com Goran, são realizados
por dia, pela Internet, entre 2 mil e 5 mil acessos
ao aplicativo.
Com o software e o banco de dados, os pesquisadores
podem analisar, por exemplo, o funcionamento de atividades
específicas de cada aminoácido nas proteínas. Essa análise,
com todos os parâmetros atribuídos a eles, permite a
aplicação do conhecimento obtido em sistemas que necessitam
de dados experimentais.
Na prática, isso significa que é possível aumentar ou
diminuir a atividade de uma proteína, inclusive eliminando
ações danosas ao organismo, como por exemplo irritações
na pele ou qualquer outro efeito colateral do coquetel
de proteases (componentes dos medicamentos) contra o
vírus HIV.
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